土地流转涉及到巨大的利益转移，而此前这一领域并无很好的制度安排，因此积累了许多问题。其中，土地作为农地使用，和转为工商业用地使用，完全是两回事。农地转为工商业使用，只能是在城乡结合部，这会出现大规模升值。而若只作为农地使用，是不可能有太大升值的。
农业用地通过有偿流转而适当规模化，是未来的方向。有偿流转就面临一个问题，就是在承包户和经营户之间，法律保护谁?如果保护承包者，承包期要短，流转费要高;如果保护经营者，最好是承包期要长，地租要低，否则经营者就无法进行农业投入，这是两难。在有些劳动力大规模流出的地区，比如上海的松江，推行的是中等规模经营，一个农户经营80亩左右的土地，承包期也长，效果不错。这种试验证明，农业用地的地租可以成为农民的财产性收入，但不能支持农民致富。
农业用地转为工商业使用，问题就很复杂。在空间上，土地价格因离中心城镇的距离而递减;在时间上，随着工商业的不断积聚，地价就不断上涨，不同时间的地价就不一样。目前征地中的问题，大都出在这里。
中央最近调整《土地管理法》，拟提高对农民的征地补偿，补偿标准提高了几十倍。这种做法初衷也许很好，但实践中可能引发大量问题，因为这是对十几年来的习惯做法推倒重来，会引发“翻旧账”的问题。前几年在苏州某地，几万农民包围县政府，原因是一个新上任的官员改弦更张，在第三批征地中提高征地补偿标准，之前几批被征地的农民就要求重新补偿，最后就爆发了冲突。因征地补偿调整积压的问题，在全国各地都有。此前10多年政府在征地中采取机会主义政策，以及官员腐败，造成了大量的专业上访户，以及大量欠账。这个问题不容低估，只要口子一开，比如调整征地补偿标准，那么先前被征地的农民就会提出重新补偿，政府财政可能一下子就被压垮。当下在全国各地，征地补偿“翻旧账”非常普遍。
土地公有制是发展要素
农业用地转为工商业使用后，产生的土地增值在各方之间如何分配才公平账至今没有一本账。政府征用土地后，还要投资建设基础设施和公共设施，以及安置被征地的农民。其中，政府往往大建办公大楼，耗资巨大;在各地招商引资的竞争中，土地出让金越压越低，工业批租往往也不赚钱;最后是商业批租，其中一部分是商业用地，一部分是商品房用地。这一过程的最后结果，是迅速拉高了商业地价，最终拉高房价。整个城市化的成本，最后由对农民的低补偿，还有城市化人口承担的高房价来支付。这就是20多年来中国城市化的实质。
但这条城市化的道路，是有其道理的。1987年，中国第一部《土地管理法》制定，1988年又出台了修改办法。《土地管理法》的中心主题，就是低价征收土地搞基础设施。因此，中国这30多年基础设施的发展速度，远远超过印度等土地私有制的国家。
由于土地私有，印度建设基础设施的成本太高，事实上根本建不起来。印度独立时铁路接近6万公里，这是英国殖民时期留下的，到现在也就增加了1万公里，此外还有大量旧铁路失修，归根结蒂还是土地问题。而中国在短时间里，建成了8万公里的高标准高速公路。低成本的扩张是中国30多年高增长的重要原因。
政府低价征收了农民的土地，同时发展经济提供就业。农民承担了代价，但是获得了城市化中的就业，所以多数农民还是接受的。在这一模式下，土地增值的主要部分被用于基础设施建设，比如在上海，在黄菊主政期间，对基础设施的3600亿投资中，有1200亿是来源于土地增值。上海最早参照了香港和新加坡的经验，开创了“城市经营”模式，后来全国各地模仿推开。但是，还有相当一部分土地的增值部分，没有安排好。在土地开发中，掌握土地批租的政府截留太多，房地产商截留太多，以及众所周知的腐败问题。另外，如果对被征地农民的补偿高，房价就低不了，所以农民和城市化人口之间是有利益冲突的。
土地制度安排是理解30多年变革的重要线索，好坏因素都很多。现在土地制度改革的空间很小，怎么改难度都很大。这本账算起来相当复杂，要全面地看。过度以意识形态去判断，对分析事实不会太有帮助。
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